“中医是科学还是哲学?”是一道伪命题。任何一门科学的形成和发展都离不开哲学，恩格斯在《自然辨证法》中指出：“不管自然科学家采取什么样态度，他们总还是在哲学的支配之下。”中医学是我国劳动人民在长期医疗实践基础上逐步形成的一门医学科学。其产生和发展，与其他科学一样，也同样受着哲学的影响和支配。把中医科学和哲学对立或相互孤立的观点是形而上学的。
哲学给予科学以世界观和方法的指导，成为孕育和发展科学的母胎，而科学的发展又成为世界观和方法论变革的动力。哲学指导了科学，科学又丰富了哲学。
中医学理论与哲学理论不容分割。气一元论和阴阳五行学说是中国古代朴素的唯物论和辨证法，是中国古代哲学的基本理论。由于中医学理论以中国古代的气一元论和阴阳五行学说为哲学基础，所以在中医学的理论体系中，始终贯穿着唯物论观点和辨证法思想。中医学吸取了汉代以前的哲学成果，直接地大量引用气、阴阳、五行、形神、天人关系等重要的哲学概念和学说，去阐明医学中的问题，使之成为中医学的重要概念和理论，把哲学理论与中医学理论熔铸成为一个不可分割的有机整体，体现出中国古代的特殊思维方式。中国古代哲学为中医学理论的形成和发展奠定了基础，而中医学理论的形成和发展又丰富和发展了中国古代哲学，中国古代哲学与中医学相辅相成，相得益彰。只要对中医学和中医学的哲学基础有个常识性认知，就不可能提出“中医是科学还是哲学”这样幼稚的问题来。
气一元论、阴阳学说和五行学说是中国古代哲学的基本理论。中国古代哲学浓缩地反应出中华民族的特有传统，是中国文化的理论基础，在中国传统文化中处于核心地位。
中医学继承和发展了中国古代哲学的气一元论、阴阳学说和五行学说，并以气一元论和阴阳五行学说作为世界观和方法论 ，用以阐明人类生命活动和外界环境的关系，疾病的发生、发展及其防治规律，以及增进身体健康，延年益寿等，建立了中医学的气一元论、阴阳学说和五行学说。
关于气一元论。气，是中国古代哲学中最基本的范畴，是物质存在的基本观念，是世界的本原。气一元论是中国古代哲学中最根本最重要的哲学思想，气一元论认为，世界上一切事物都是物质气的不同形态，世界上一切现象都源于气。这是中国古代唯物主义哲学的最基本的理论。
中医学把中国古代哲学的气一元论，与医学科学相结合，应用于中医学领域，形成了中医学理论体系中的气一元论。成为中医学认识世界和认识生命活动的世界观和方法论，气一元论在中医学的应用中，用以建立中医学的自然观、生命、健康和疾病观，以，及治疗、养生康复观和方法论，论述了生命科学的基本问题等。至于如何具体阐述生理、病理、诊断、治疗以及养生康复等医学理论问题，就不在本文赘述之列了。
关于阴阳学说。阴阳学说是在气一元论的基础上建立起来的中国古代的朴素的对立统一理论，属于中国古代唯物论和辨证法范畴，又是中医学的基本概念。阳阳作为哲学范畴，旨在说明宇宙的生成和变化的规律，揭示世界万物最普通、最一般的本质属性。阴阳学说认为，世界是物质性的整体，宇宙间的一切事物不仅其内部存在着阴阳的对立统一;而且其发生、发展和变化都是阴阳二气对立统一的结果。而中医学的阴阳属于具体科学的基本慨念，它所指的是生命、健康、疾病等具体医学问题。
中医学把阴阳学说应用于医学，形成了中医学的阴阳学说，促进了中医学理论体系的形成和发展。中医学用阴阳学说建立了本门学科的科学观和方法论，阐明生命的起源和本质，人体的生理功能、病理变化、疾病的诊断和防治的根本规律。阴阳学说贯穿于中医的理、法、方、药之中，指导着中医学的科学实践。
关于五行学说。五行学说属于中国古代唯物论和辨证法范畴，属于元素论的宇宙观，是一种朴素的系统论。五行在中国古代哲学史上有两层意蕴，其一， 是指构成万物的木、火、土、金、水五种物质，以说明世界万物的起源和多样性的统一;其二，是指仁、义、礼、智、信或仁、义、礼、圣、智五种伦理道德规范，在这个意义上的五行称作五常。
五行学说认为，宇宙间的一切事物，都是由木、火、土、金、水五种物质所构成，自然界的各种事物和现象的发展变化，都是这五种物质不断变化和相互作用的结果，天地万物的运动秩序都要受五行生克制化法则的统一支配。所以，五行学说不仅具有唯物观，而且含有丰富的辨证法思想和系统论思想，是中国古代用以认识宇宙，解释宇宙事物在发生发展过程中相联系法则的一种理论。
中医学的五行，是中国古代哲学五行范畴与中医学相结合的产物，是中医学认识世界和生命活动的世界观和方法论。中医学把五行学说用于医学领域，成为中医学理论体系的哲学基础之一和重要组成部分。五行学说以系统观点来观察人体，阐述人体局部与局部，局部与整体之间的联系，以及人体与外界环境的统一，使中医学进一步系统化，对中医学特有的理论体系的形成，起了巨大的推动作用。此外，阴阳与五行相合，形成了阴阳五行系统论，中医学理论是这种系统论的最高成就。
总之，气一元论、阴阳学说和五行学说是中国古代朴素的自然观和方法论，中医学按着气—阴阳—五行的逻辑结构，从气—阴阳—五行的矛盾运动阐述了生命活动的基本规律，构筑了中医学的理论体系，建立了中医学的整体医学模式。中医学在哲学与自然科学尚未彻底分开的古代，把当时先进的气一元论、阴阳学说和五行学说与医学理论熔铸成一个不可分割的整体；用哲学概念说明医学中的问题，同时又在医学理论的基础上，丰富和发展了哲学思想。哲学指导了医学，医学丰富了哲学，两者相融不可分割，所以，提出“中医是科学还是哲学？”的问题，是一道伪命题。
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