第一次绿色革命成果的成功推广，需要大量石化物质生产与供应。离开了杂交种、农药、化肥、除草剂、大型机器设备等，第一次绿色革命就无法显示其优势，而在一线从事生产的农民是没有能力生产那些物质的。在这种前提下，农业自然属性逐步减少，转而依靠人工合成物质与大学设备，而能够提供这些农资的是工业资本家。没过多少年，第一次绿色革命的成果被资本所攫取，进而对政治、经济、社会、乃至国与国之间的平衡产生了重大影响。
第一，造成了国与国之间的污染转移。由于发达国家具有强大的科技与资本优势，其垄断公司通过对种子、化肥、除草剂、石油的控制，进而造成了“穷国生产，富国享受”的局面。更为糟糕的是，发达国家将农药、化肥、地膜这些严重污染环境的工业生产，转移到发展中国家或欠发达国家，从而将污染留在了他国;再通过粮食出口，将含有农药与除草剂残留的粮食卖给他国。更严重的是，为了便于市场垄断，竟将他国按照自己的需要生产，严重打压了自给自足的小农，威胁了落后国家的粮食供应。如菲律宾生产的香蕉、巴西生产的咖啡、阿根廷生产的大豆，这些产品纷纷出现在发达国家的超市里。而要实现农产品的长距离运输，不得不依靠所谓的绿色革命成果，如激素、抗生素、保鲜剂等。
第二，将粮食武器化实现对他国震慑。由于不公平竞争，不考虑生态环境与健康成本，发达国家或其财团控制的粮食垄断公司，以低于当地价的优势大量倾销粮食，造成他国不愿意生产粮食转而依赖进口的严重局面。美国采取这种做法，已经打败了中国的大豆产业，中国人吃的大豆中80%以上来自美国等生产的转基因大豆。大米出口国如泰国、缅甸等按照绿色革命的思路出发，其产品销售要看强国的眼神。对于动乱的国家或者穷国，美国等依靠其手中的粮食武器对他国控制。更为诡异的是，解决此类问题的办法，还可能会受到一些带有政治背景的决议所阻挠，美国农业技术专家从印度撤走，就是由于受到带有政治色彩的决议影响。哪怕是按照富国要求，穷国为维持高科技的绿色革命进程，解决作物生长过程中出现的环境污染和生态退化也无能为力，因为他们无法平衡国与国之间的政治斗争，以及粮食武器的强大威力。
第三，导致土地兼并，政府需要补贴农场主获得食物供应。第一次绿色革命，实际上是粗放管理的，除草、除虫、采摘、晾晒、仓储等传统的需要劳动力的传统农活，被喷雾器、拖拉机、除草剂、乃至飞机取代了，且农民不能留种。该农业模式实际上是一种懒人农业模式。在这种模式下。采取精耕细作的办法生产粮食，无法与规模化农业竞争，小农随之破产，或者被迫进城，土地兼并愈演愈烈。在美国不仅小农户难以生存，即使中等农场也面临倒闭或被兼并的威胁。美国用1.8%的农民养活98.2%的美国人，并有约1亿吨粮食进入国际市场，实现对他国政治、经济乃至军事控制。但是，在该模式下，美国政府需要不断地补贴农场，美国农民收入的40%来自政府的无偿补贴，政府反而被种粮农场主所牵制——没有粮食，政府也运作不动，就那一小部分农民会种地。
有人建议中国学美国，将土地连成片交给种粮大户，按照现代农业思路即延续绿色革命的做法经营，这也是有很大隐患的。对于普通农民，他们不愿意承担任何额外风险。在土地流转模式下，由于没有固定的使用权，流转者对投入到土地的资金能否获益持怀疑态度。即使他能够保留自己拥有的一份，但是土地所有者只需要花费很少或不必花费追加费用便可以拿走增产的一半。对于土地所有者来说，他们也许对不必追加资金而照常收取租金而获利，也可能想方设法将佃农从土地上逐出，以便凭靠他们自己使用机械或雇佣劳动来生产出更多的产量。令人担忧的是，大农场主将成为农村推广使用新技术的主要受益者，而广大农民将沦为无土地阶层，仅靠从事季节性或候鸟式劳动、低工资收入来维持生计。
第四，城市低收入人群被“喂养”加重了社会管理成本。为了充分利用绿色革命成果，需要克服经济、社会、政治和环境上的许多障碍。例如，成功的绿色革命所要求的资金投入常常超出农民、土地所有者以及政府现有的支付能力和种植倾向。供水和治水设备(例如印度恒河平原上广泛采用的管井)、化肥尤其是氮肥，以及野草、病虫害的化学防治等，均需要一定的费用。政府部门一方面要帮助农民改善运输设备条件，使新品种所需的大量肥料能够得到保障，另一方面，要对遥远的城市消费者运输食物。大量低收入家庭获取的“免费”食物，是以高热量、高脂肪、高蛋白为主的，使得城市人群出现食物过剩，既造成了食物浪费，还带来了健康隐患，美国人群高达38%的肥胖人群出现，说明第一次绿色革命的健康代价是异常昂贵的。具有讽刺意味的是，在美国甚至中国出现食物浪费的同时，非洲的饥民面临食物短缺困惑，因饥饿引发的死亡阴影并没有因绿色革命而得到多大改善。
第五，食物种类多样性下降导致文化多样性丧失。第一次绿色革命，使全球农业模式出现了趋同化效应，如反季节设施生产的食物味道几乎一致。由于采取规模化生长，优质劳动力离开土地，食物种类多样性逐渐下降，很多与饮食有关的文化消失。更严重的是，随着农业中所谓高科技不断应用，一些传统的农业工艺失传，即使一些老品种也因为种子公司的参与而逐渐消失。按照美国农业模式，留1-2个人经营近万亩土地，下降的就是食物多样性，他们利用再先进的农机具也无法与5000多人从事同样大小土地的农业模式相抗衡，后者生产的粮食首先满足了自身安全。规模化经营造成食物多样严重下降，合理轮作、间作套种将永远告别农业。人类抵抗自然灾害的能力，将会因农业工艺、栽培品种、饲养品种、优质劳动力的丧失而降低，一旦发生瘟疫或战争，人类将面临不可避免的粮荒——远离农业的城市人口需要食物的不间断供应，这个人口基数越大就越不安全。
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