这里介绍的分子生物学技术即大家都熟悉的转基因技术，有时也被业界称为分子生物学技术、分子育种、分子模块育种等;生态学技术重在水肥气热管理，强调因地制宜。
1 关于种源，两者都是利用人类长期培育的种子，从可留种老种子或不能留种的杂交种开始。分子生物学或转基因方法更倾向于用杂交种子;生态学方法更倾向于用老种子。
2 分子生物学技术假定传统种子或杂交种子存在缺陷，如不抗病、不抗虫、不抗盐碱、不抗旱等等，因此需要从种子改造入手;生态学方法假定种子不存在问题，而生态环境存在问题，尽量为植物创造少生病、少生虫的环境，从土壤改良和恢复生态平衡入手;采取灌溉措施保证作物对水分需求，而不是靠作物本身耐旱(自然界旱生植物生物量一般不高)。
3 分子生物学解决了种子抵抗力问题，但对农药化肥更依赖了，如抗草甘膦作物需要喷洒更多的草甘膦，抗虫Bt毒蛋白控制了主要害虫，次要害虫会爆发，还需要打农药，甚至用药更多;生态学办法尽量运用环境友好的物理+生物办法，逐渐远离农药，大幅度减少石化类投入物使用。
4 分子生物学的解决方案是客观纵容环境污染，所产生食物营养成分发生改变，有害成分高于常规农业;生态学的解决方案鼓励环境保护，降低或停止环境污染，所产出的食物营养均衡，基本无农残或有害化学物质残留。
5 分子生物学的解决方案是对传统种质资源的垄断或变相占有(通过专利控制)，是少数种子公司和科学家受益;生态学的解决方案受益方是广大的消费者，种子可自留，将种子在民间保留。
6 分子生物学解决方案可部分减少农户的劳动强度，但农户不会吃那样的食物，是销往市场上去的;生态学解决方案部分增加了农户的劳动强度，其产品农户自己优先留着吃。
7 分子生物学方法生产的食物以饲料、燃料、工业原料或出口为主，价格低廉;生态学方法生产的食物为有机食物或绿色食物，价格高，消费者多花钱身体受益，可带动农民就业。
8 分子生物学研发经费在国外以种子公司投入为主，国内以政府科研经费投入为主;生态学的研发经费来自市场，依靠广大觉醒的消费者。在国内，分子生物学家得到的科研经费远大于生态学家得到的科研经费，前者做几个盆栽实验需要的转基因材料轻则十几万元，对后者来讲可以种出几十亩有机农田。
9 分子生物学家不愿意食用自己技术生产的食物，而愿意购买生态学办法生产的有机食物或绿色食物;而生态学家愿意食用自己方法生产的食物，拒绝购买分子生物学家研发的食物。
10 从生态文明角度来看，分子生物学家采取的技术是与自然对抗，强调基因的力量，是违背生态文明原则的;生态学家采取的技术是与自然和谐，强调物种的力量，符合生态文明原则。
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