日本一外交政策分析家撰文指出：亚太经合组织存在四个问题（下）

第三个问题是各国在政策上的分歧。在亚太经合组织成为焦点的问题有两个，一是实现贸易和投资自由化；二是如何调整宏观政策。
“实现贸易和投资自由化的范围”是指如何制定总原则。日本呼吁应该考虑各国各个领域的情况，美国和澳大利亚等国则主张不应设立实现自由化的例外物品。中国、韩国和台湾等东亚国家和地区存在大米等农产品问题，因而对总原则表示反对。
“与地区外国家的关系”是指根据废除关税和非关税壁垒的成果，对亚太经合组织成员国和非成员国无条件地提供最惠国待遇，实行无差别原则。
关于这个问题，主要是美中两国存在意见分歧，中国主张明确写入无差别原则，美国则依据每年更新对华最惠国待遇的国内法表示反对。对尚未加入世界贸易组织的中国来说，运用地区外无差别原则具有重要意义。互惠主义和双边主义想法越来越占上风的美国很难在这个问题上作出让步。
这样一来，在实现贸易与投资自由化问题上的政策分歧就将带入亚太经合组织，而且可能使亚太经合组织成为贸易谈判的舞台。第四个是政治色彩日益浓厚带来的问题。非正式首脑会议是１９９３年在美国总统克林顿的极力主张下举行的，之后便成了例行会议。现在的亚太经合组织是根据去年非正式首脑会议在茂物达成的协议来运转的。这意味着部长会议实际上已经降级，成了非正式首脑会议的下属机构。
举行非正式首脑会议有好的一面，如首脑们可以建立个人信赖关系，并借此机会开展活跃的双边和多边首脑外交。与此同时，也有以下不好的一面：一、亚太经合组织可能成为首脑们表演的舞台；二、各国对经济合作问题的态度可能变得冷淡，行政机构解决具体问题的力度会减弱；三、就像台湾问题那样，政治关系可能对亚太经合组织的活动，特别是经济合作领域产生不良影响。
随着政治色彩日益浓厚，过去注重经济问题的亚太经合组织的作用可能发生变化。正如实现贸易和投资自由化问题那样，亚太经合组织一旦讨论政策问题，就容易在各国之间引起问题。结果，各国国内的政治形势对亚太经合组织产生影响的情况增加。（下）