1956年4月28日，毛泽东在中共中央政治局扩大会议上，正式提出在科学文化工作中，实行“百花齐放，百家争鸣”的方针，即艺术问题上“百花齐放”，学术问题上“百家争鸣”。1957年2月27日，毛泽东在《关于正确处理人民内部矛盾的问题》中指出，“‘百花齐放，百家争鸣’的方针，是促进艺术发展和科学进步的方针，是促进我国的社会主义文化繁荣的方针。”
“百花齐放”最早是毛泽东在1951年提出来的。在“百花齐放”方针指引下，新中国的文艺继承毛泽东《在延安文艺座谈会上的讲话》的精神，很快出现了喜人的形势。
随着国家各项事业的蓬勃发展，在社会科学和自然科学界各抒己见的现象日益增多，但与此同时也出现了一些唯我独尊、听不得不同意见的不良苗头。还有不少的专家学者对苏联的一些理论存或多或少的盲目性。这些都严重地影响了学术的健康发展。这种情况反映到毛泽东那里，引起了他的高度关注。
毛泽东提出“百家争鸣”前后
1953年，两位著名的历史学家郭沫若和范文澜，对中国奴隶社会何时向封建社会转变的历史分期问题的看法不同，引发了热烈的争论。当时的中国历史问题研究委员会主任陈伯达向毛泽东请示，毛泽东说要“百家争鸣”。陈伯达向历史研究委员会作了传达。第二年创办《历史研究》杂志，也以此作为办刊的方针。这就是毛泽东第一次提出在学术界要“百家争鸣”。
1956年初，当时在中国讲学的一位苏联学者参观广东中山县孙中山故居时，向中国陪同人员谈他对毛泽东《新民主主义论》中关于孙中山的世界观的论点的不同看法。这件事情反映到毛泽东那里。《毛泽东年谱(一九四九～一九七六)》(以下简称《年谱》，卷数以阿拉伯数字标出)记载：1956年2月19日，毛泽东阅中共中央宣传部给中央的报告。报告说：中山大学党委反映，苏联学者在华参观时，“讲了一些有损我党负责同志威信的话”，是否有必要向苏方反映，请指示。毛泽东批示：“刘、周、陈、彭真、小平、陈伯达阅，退定一办。我认为这种自由谈论，不应当去禁止。这是对学术思想的不同意见，什么人都可以谈论，无所谓损害威信。因此，不要向尤金谈此事。如果国内对此类学术问题和任何领导人有不同意见，也不应加以禁止。如果企图禁止，那是完全错误的。”(《年谱2》第533页)
1956年4月18日，毛泽东和刘少奇、周恩来、朱德、陈云、彭真、彭德怀、邓小平等，在中南海颐年堂听取李富春关于第二个五年计划的汇报。毛泽东最后说道：“总之，向苏联学，但也不能完全照搬。”4月20日在继续听这个汇报时，毛泽东批评了一种说法“如果没有苏联的援助，中国的建设是不可能的”。他说：这种思想是不对的。当奴隶当惯了，总有点奴隶气，好像《法门寺》戏里的贾桂一样，叫他坐，他说站惯了。
4月18日，毛泽东还看了康生摘报的德国统一社会党中央宣传部部长哈格尔3月3日的谈话纪要，毛泽东转批给中宣部副部长张际春：“此件值得注意。请中宣部讨论一下这个问题。讨论时，邀请科学院及其他有关机关的负责同志参加。陆定一同志回来，将此件给他一阅。”哈格尔在谈话中说，过去教条主义的错误，主要表现在过分强调苏联的先进经验和科学成就。这对于我们的科学研究是有约束力的。例如，我们宣传苏联农学家李森科的学说一切都好，将德国科学界很有权威的魏尔啸(德国病理学家——原注)一切都否定了，认为孟德尔(奥地利遗传学家——原注)的一切都是反动的，而在德国的生物学家，绝大多数是孟德尔派。科学是可以有各种学派，我们相信，久而久之可以使一些真正研究科学的人走上唯物主义。苏联科学有好的我们应当学习，但不能将苏联科学界的每句话都认为是神圣的。哈格尔还说，在哲学上也要重新研究。我们与某些苏联哲学家一样对黑格尔采取完全否定的态度，这是错误的。(《年谱2》第561-562页)
新中国成立之初，为了尽快改变中国自然科学和社会科学的落后状况，党中央采取走出去、请进来的方法，一方面不断选送青年学者赴苏联留学(1954年后，毛泽东曾提出派人去美国学习，但美国不接受)，另一方面从苏联聘请了一大批专家顾问，翻译了许多苏联的自然科学和社会科学方面的书籍供中方人员学习。中国的自然科学界和社会科学界还掀起了向苏联专家学习的热潮。尽管在当时情况下是完全必要的，但也因此带来了令人警惕的负面影响，主要的就是毛泽东提到的“照搬”问题。
实际上毛泽东对这种“照搬”早有察觉。比如，当时在医学界，有的人了解了苏联的巴甫洛夫学说，便主张要改造中国医学，并提出一个荒唐的论点：“中医是封建医，西医是资本主义医，巴甫洛夫是社会主义医。”毛泽东虽然没有直接驳斥过这种观点，但他从1949年到1956年，多次强调中医的重要性，并把中医列为中国对世界的三大贡献之首。有必要强调的是，正因为毛泽东一直支持中医的发展，一直主张中西医在“争鸣”中互相学习而不是互相排斥，提倡中西医结合，才为后来以屠呦呦为首的团队研制的青蒿素获得诺贝尔奖创造了前提条件。
1956年4月28日，毛泽东在中央政治局扩大会议上提出“双百方针”时说：“讲学术，这种学术可以，那种学术也可以，不要拿一种学术压倒一切，你如果是真理，信的人势必就会越多。”四天后，在最高国务会议上，毛泽东再次强调：在中华人民共和国宪法范围之内，各种学术思想，让他们去说。他还举了一些例子，包括苏联李森科学派压制摩尔根学派的事情。毛泽东举的这个例子指的是，当时有人从苏联学习回来后，只坚持遗传学中的苏联李森科学派是正确的，而把美国的摩尔根学派说成是唯心主义的，错误的。
1956年8月，中国科学院和高教部在青岛召开遗传学座谈会，各个学派的遗传学者在会上畅所欲言，各抒己见，取长补短。8月下旬至9月初，《光明日报》对会议作了报道并发表了与会学者发言的详细摘要。
1957年4月30日，毛泽东读了4月29日《光明日报》刊登的北京大学教授李汝祺的文章《从遗传学谈百家争鸣》后批示：“送乔木同志：此篇有用，请在《人民日报》上转载。南京一篇，上海一篇，尚未转载，请给我，写上按语。”毛泽东将文章的原题《从遗传学谈百家争鸣》作为副题，重新拟题为《发展科学的必由之路》，并为《人民日报》起草编者按：“这篇文章载在四月二十九日的《光明日报》，我们将原题改为副题，替作者换了一个肯定的题目，表示我们赞成这篇文章。我们欢迎对错误作彻底的批判(一切真正错误的思想和措施都应批判干净)，同时提出恰当的建设性的意见来。”5月1日，《人民日报》加编者按转载这篇文章。(《年谱3》第143页)
李汝祺的文章引起毛泽东的高度重视，这实际上是顺理成章的事。毛泽东把遗传学领域发生的事件上升到我国科学发展的必由之路的高度，这个鲜明醒目的提法，不仅是对科学发展规律的高度概括，也体现了毛泽东对“百家争鸣”方针的不遗余力地推动。
“百家争鸣”极大地推进了我国的科技发展
谈家桢和他的老师李汝祺都先后从师摩尔根，是坚定的摩尔根学派。谈家桢和李汝祺都参加了1956年8月中国科学院和高教部在青岛召开的遗传学座谈会。谈家桢是国际著名遗传学家，中国现代遗传学奠基人之一，他在遗传学上取得的成就是国内外学界公认的。谈家桢晚年回忆起那段“百家争鸣”的历史时，仍然激动不已。他说：“我第一次见到毛泽东主席，是在一九五七年三月，中央宣传工作会议期间，也就是青岛遗传学座谈会结束后不久。这两次会议召开的背景，意在贯彻毛泽东主席亲自提出的‘百花齐放，百家争鸣’方针(即‘双百’方针)。两次会议，我都出席了。对‘双百’方针，我抱着积极拥护的态度，这不仅是因为‘双百’方针本身意味着在学术和艺术创作等问题上，鼓励人们平等地发表自己的观点和意见，允许不同学术思想、不同学术流派同时存在和发展，更为重要的是，还将从根本意义上调动广大知识分子投身社会主义事业的积极性。联系我本人和我所从事的遗传学事业来说，‘双百’方针的提出，其实是对当时正岌岌可危、濒临夭折的中国遗传学事业的一种根本意义上的支持。建国以后一直如履薄冰、如临深渊的中国遗传学事业，在来自前苏联‘李森科学派’的巨大政治压力下，已经到了难以支撑下去的局面。‘双百’方针的提出，青岛遗传学座谈会的召开，毛泽东主席的亲自关注，无论对中国遗传学事业，还是对我本人而言，都如久旱逢甘露，是一种莫大的支持。这是我一辈子都不能忘记的。”
谈家桢曾经十多次在各种场合见到过毛泽东，有四次还亲耳聆听了毛泽东对他“争鸣”的鼓励。在毛泽东的鼓励下，谈家桢克服了大量的困难，取得了可观的成绩。1961年底，复旦大学的遗传学教研室升格为遗传学研究所，成为了国内高等院校的第一家遗传学研究所。担任所长的谈家桢带领一批中青年人向着遗传学高峰攀登。到1966年“文革”前夕，这个科研集体共发表科学研究论文50余篇，出版专著、译作和讨论集16部。“文革”期间，毛泽东派人捎信鼓励他继续研究，使他的研究仍取得一定进展。1978年，年近七旬的谈家桢应邀参加了他的母校——美国加州工学院生物系成立50周年纪念会。他以海外校友的身份，作了《遗传学在新中国》的报告。他在报告中叙述了毛泽东对中国遗传学事业的关爱和支持，和中国遗传学事业在曲折中不断发展的过程。他的报告引起了与会科学家的极大重视。
虽然在贯彻执行“百家争鸣”方针的道路上，经历过一些曲折，甚至是严重的曲折。但总的来说，取得的成绩相当可观，特别是在科技的某些领域，取得了巨大的、具有里程碑意义的成绩。
1999年9月18日，江泽民代表中共中央、国务院、中央军委在表彰研制“两弹一星”功臣大会上发表重要讲话。他高度评价：“两弹一星”“是中国人民在攀登现代科技高峰的征途中创造的非凡的人间奇迹。”
于敏是创造这个“人间奇迹”的功臣之一。2019年9月17日，国家主席习近平签署主席令，授予已经去世的于敏“共和国勋章”。
在获得“两弹一星”勋章的21位科学家中，只有两位没有出国留学的经历，于敏是其中之一。他在我国氢弹原理突破中解决了一系列基础问题，提出了从原理到构形基本完整的设想，起到了关键作用。
他在回忆攻克难关经历时，提到了取得成功诸多的因素，例如毛泽东的决策、周恩来的组织实施、毛泽东“矛盾论”“实践论”的指导作用、遵循毛泽东的“大协作”批示、领导干部密切联系群众的工作作风，等等。但是，就具体技术而言，“百家争鸣”则起到了关键性的作用。1998年8月，于敏发表了《艰辛的岁月，时代的使命》。文中写道：
“大家发扬学术民主，畅所欲言，百家争鸣，通过一个个的学术报告会，提出了许多各式各样的突破氢弹的设想和途径，其中有许多很好的意见。但是，氢弹毕竟是非常复杂的系统，一条条的途径被提出来，经过仔细地讨论，计算和分析，又一条条地放弃了，山穷水尽疑无路是当时常有的感觉。”
1965年，我国在全世界首次用人工方法合成结晶牛胰岛素。国内外科学界认为，这是中国当时唯一一次能够问鼎诺贝尔奖的机会。直接参与研制的负责人之一龚岳亭，在2000年发表了他的回忆文章。从他的文章中可以看出，研制成功的整个过程，都贯穿了党领导下的“百家争鸣”精神。文章的第一段是这样的：
“1958年全国热火朝天，科技人员也不例外，殷切地期望在不太长的时间内攀登世界高峰，放出一颗‘科学卫星’，振奋人心，为祖国科学事业作出贡献。中国科学院上海生物化学研究所在王应睐、曹天钦、邹承鲁、钮经义、沈昭文等先生的带领下，老、中、青科技人员三结合，其中有一批刚从大学毕业的青年，‘初生牛犊不怕虎’，敢想、敢说、敢干，在党政干部的正确引导下，充分发挥科学民主，并邀请国内有关专家参与学术讨论，百家争鸣，各抒己见，经过论证，提出‘世界上第一次用人工方法合成的蛋白质在中华人民共和国实现’的宏伟目标。”
“两弹一星”、人工合成胰岛素，还有前面提到的屠呦呦的青蒿素，这三项堪称新中国科技史上具有里程碑意义的伟大成就，充分体现了我们党“百家争鸣”方针的卓有成效的贯彻实施。
关于“百家争鸣”，在这里特别需要指出的是，在对待国家重大建设项目问题上，毛泽东本人为坚持“百家争鸣”作出了表率。
治理长江，建设三峡水电枢纽工程，一直是中华民族的一个梦想。毛泽东充分理解这一点，也为此作了不少调研，包括实地查勘。为了对人民负责，他特别重视“百家争鸣”中的少数人的意见。在1958年1月的南宁会议上，毛泽东提议会议安排讨论三峡工程问题，并派飞机把对兴建三峡工程两种不同意见的代表林一山和李锐接到会上，请他们各抒己见。林、李两位早在1956年就在专业刊物上发表了对立观点的文章，争论激烈。当时李锐属于少数派，但毛泽东肯定了李锐的意见，决定推迟三峡工程上马。根据毛泽东提议，南宁会议决定由周恩来主持治理长江的工作，筹备建设三峡工程。在接下来的查勘过程中，周恩来指出：“三峡是千年大计，对问题只发展一面，很容易走到片面，为把三峡搞得更好，还是可以争论的。”“在今后工作中，还允许有反对意见，这是我们社会主义的优越性。”1966年4月，毛泽东在阅读有关部门的“三峡工程宜早不宜迟”的报告后，批示：“已阅。需要一个反面报告。”1970年12月，毛泽东同意先兴建葛洲坝水利枢纽工程。毛泽东得知林一山反对此项目，于是在后来下发中央关于葛洲坝工程上马的正式文件时，将林一山的反对意见一并发到全党，以提醒要充分重视可能出现的问题，还特别提到了“要准备修改设计”。林一山后来在谈到毛泽东的批示时说：“这个充满着辩证唯物主义的批示，给我很大启示。”
党的十一届三中全会以后，建设三峡工程提到党和国家的重要议事日程上来。“百家争鸣”的精神得到进一步地传承和发扬。1992年4月，时任副总理的邹家华在《关于提请审议兴建长江三峡工程的议案的说明》中再次肯定：任何不同意见“都是从对国家和人民负责出发。这些意见对增加论证深度，改进论证工作以及完善论证结果都起到了十分积极的作用。”
“为学术，凡有理，要争鸣”
“为学术，凡有理，要争鸣”是毛泽东的老朋友，我国著名历史学家、社会活动家周谷城的词《五一节晋见毛主席》中的三句。
周谷城在晚年的回忆文章中写道：“毛泽东对我的深情、鼓励、厚爱，我永远不会忘记，他主张的‘百家争鸣’，我坚决执行。我在一首词中，曾表示过这个意思。”周谷城所说的那首词，就是《五一节晋见毛主席》。
1956年，为响应毛泽东的“百花齐放，百家争鸣”的号召，周谷城和其他许多知识分子一样，大胆各抒己见，积极参与。周谷城从1956年2月起，连续在《新建设》等杂志发表了二十篇专门探讨形式逻辑与辩证法关系的文章。毛泽东对周谷城的探索精神和见解十分欣赏，在不少场合支持周谷城参与论战。1957年3月21日，毛泽东在上海约周谷城谈话，鼓励周谷城继续写有关逻辑学问题的文章，继续辩论。
4月11日，毛泽东邀请周谷城到中南海颐年堂，并根据周谷城的建议，把在京的贺麟、郑昕、冯友兰、金岳霖、王方名、胡绳等哲学界人士接到中南海一起探讨学术问题。毛泽东首先发言谈自己的革命实践，鼓励大家独立思考，敢于“争鸣”。他说，“实事求是、独立思考，是非常重要的。中国革命的胜利可以说是实事求是、独立思考的胜利。”
为了给“百家争鸣”创造良好条件，毛泽东自己尽量避免作“裁判员”。1958年11月，三联书店出版了周谷城等的论文集《形式逻辑与辩证法问题》。周谷城在1958年上半年编撰此书时，曾两次写信请毛泽东作序言。7月28日毛泽东复信周谷城：“两次热情的信，都已收到，甚谢!大著出版，可资快读。我对逻辑无多研究，不敢有所论列;问题还在争论中，由我插人一手，似乎也不适宜。作序的事，不拟应命，可获谅解否?”(《年谱3》第395页》)
1961年至1962年间，周谷城先后发表了三篇阐述其美学思想的文章，即《光明日报》上的《史学与美学》，《文汇报》上的《礼乐新解》，还有《新建设》上的《艺术创作的历史地位》，引起不少“争鸣”。1963年11月7日，时任上海市政协副主席的周谷城，在《光明日报》发表了《统一整体与分别反映》的文章。1964年5月10日，时任上海《解放日报》编委的姚文元，在《光明日报》发表了《评周谷城先生的矛盾观》。同年7月1日，一篇金为民和李云初的《关于时代精神的几点疑问——与姚文元同志商榷》的文章在《光明日报》发表。毛泽东读了这两篇有代表性的文章后，立即让中宣部把这两篇文章编成一本小册子付印出版，并于7月7日亲自写了一段按语作为序言：
“这两篇文章，可以一读。一篇是姚文元驳周谷城的，另一篇是支持周谷城反驳姚文元的。都是涉及文艺理论问题的。文艺工作者应当懂得一点文艺理论，否则会迷失方向。这两篇批判文章不难读。究竟谁的论点较为正确，由读者自己考虑。”(《年谱5》第371页)
1965年6月20日，毛泽东在上海约周谷城、刘大杰谈话。针对社会上很多人批评周谷城文章的情况，毛泽东对周谷城说，不是我们叫人家来批评你，而是群众性讨论所发表的不同意见。目前你暂时且慢写文章，等他们不再“骂”你了，你再把他们的文章拿来好好地看一看，做一些研究，他们讲得对的地方，你应接受，做些自我批评。有些地方如果你觉得可以辩论，你还可以再写文章同他们辩论。在逻辑问题的争论中，我同意你所主张的要把辩证法和形式逻辑分开来的意见，我倒不同意把两者混淆起来的论点。
周谷城1996年去世后，他的儿子周骏羽在谈到周谷城与毛泽东的关系时说：“他自始至终都认为毛主席是伟大的，他和毛主席是有感情的，这辈子毛主席能够把他当作朋友，他觉得蛮光荣、蛮骄傲、蛮自豪。他认为毛主席把自己的一切都献给了中国，从一个世界级领袖人物来看，没有任何一个人可以和毛主席的人品、人格和他的伟大来比拟。”
刘大杰是我国著名的文史学家、作家、翻译家。他长期担任复旦大学教授兼中文系主任。关于1965年6月20日那次毛泽东的约谈，刘大杰写了回忆文章《一次不平常的会见》。文中写道：这天他与我们谈话很随便，内容大体是学术、教改、文艺(主要是京剧改革)三个方面。在百家争鸣、学术讨论问题上谈得很多。
刘大杰在文章结尾时写道：“虽然在1960年和1963年我受到过主席的接见，但都只讲了几句话，这次两个多小时的亲切会见，教益匪浅，使我终身难忘。”
1975年8月2日和3日，刘大杰为修订《中国文学发展史》，两次给毛泽东写信。在信中，他对报刊文章全盘否定韩愈表示疑虑，对李义山(李商隐)的无题诗是“政治诗”还是“恋爱诗”的问题拿不准。信中还附了他自己的两首诗词。1976年2月12日，毛泽东复函：“我同意你对韩愈的意见，一分为二为宜。李义山无题诗现在难下断语，暂时存疑可也。奉复久羁，深以为歉，诗词两首，拜读欣然，不胜感谢。”(《年谱6》第637页)
毛泽东晚年，书房里摆着刘大杰的《中国文学发展史》和其他一些文学史类的著作，例如陆侃如与冯沅君合编的《中国文学史简编》、北京大学中文系55级学生集体编写的《中国文学简史》、中国科学院哲学社会科学学部文学研究所编写的《中国文学史》。他同工作人员谈过对这些文学史著述的评价，有肯定的，也有不同意的。工作人员问：要不要把这些意见转告作者?毛泽东回答说：不要了，学术问题要百家争鸣，要说是我说的，就不好了，改吧，人家又不同意，所以还是不要告诉作者为好。
由此可见，在学术问题上，毛泽东始终坚持“百家争鸣”的方针，为新中国的自然科学和社会科学的健康发展，作出了不可磨灭的巨大贡献。
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