编辑|陈彩娴
如何有效识别药物作用机制在今天仍然是一个巨大挑战,计算对接的方法已被广泛用于预测药物结合靶点。有了大规模蛋白质结构预测技术,药物发现将变得更容易。所以,自AlphaFold问世以来,称其将引发一场结构生物学的革命、彻底改变药物发现的声音就不绝于耳。
本质上,AlphaFold是一个工具,我们目前真的能利用好这个工具吗?
近日,来自MIT的研究团队给出了否定的回答。
他们对使用AlphaFold2的分子对接模拟的模型性能进行了评估,发现模型在识别真正的蛋白质-配体相互作用方面的预测能力较弱,并证明需要使用基于机器学习的方法进行建模来提高模型性能,以更好地利用AlphaFold2进行药物发现。该论文“BenchmarkingAlphaFold-enabledmoleculardockingpredictionsforantibioticdiscovery”发表在了MolecularSystemsBiology期刊上。
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